Tengo 42 años y tengo endometriosis en los ovarios, trompas de falopio y en la pelvis y un quiste en

Si no hay dolor no necesita tratamiento alguno.
Si hay dolor, seguiría la recomendación del Dr. Navarro agotando todos los tratamientos no quirúrgicos.
En caso de fallo de los mismos, la opción de histerectomía con resección completa de todos los implantes vía laparoscópica sería el tratamiento idóneo.
Si bien los ovarios sería recomendable conservarlos dada su edad, al estar afectados ambos la posibilidad de recidiva es superior al 30% y la necesidad de nueva cirugía superior al 10%.
Particularmente extirparía los ovarios, al estar los dos afectos, e impondría un tratamiento hormonal substitutivo.

Depende de si tienes o no dolor, o si aún deseas tener un hijo. La cirugía de la endometriosis no es siempre definitiva y no es infrecuente que los síntomas permanezcan después de una cirugía reglada. Por otro lado, a tu edad te aconsejo que conserves los ovarios. Mi consejo es que agotes los tratamientos no quirúrgicos.