Consiste en obtener pequeños fragmentos de próstata mediante una aguja especial, para su posterior análisis por parte del anatomopatólogo, que podrá diferenciar entre entidades benignas o malignas. La exploración se realiza con anestesia local, pinchando a través del ano. La punción es guiada a través de ultrasonidos mediante el uso de un ecógrafo. Con la aguja de biopsia se punciona la próstata y a menudo las vesículas seminales (situadas a su alrededor). El objetivo de esta prueba es determinar si existe cancer de próstata en el paciente. Los posibles efectos secundarios y complicaciones de esta intervención son desde reacciones alérgicas al anestésico local empleado, o infección generalizada, a reacciones locales, como hematoma en la zona de infección, hematuria (sangre en la orina), infección o dificultad miccional, uretrorragia, o proctorragia.