Tengo reflujo esofágico, gastritis y hernia hiato. Llevo mucho tiempo flema espesa. Tomo protector estómago,

Si tienes diagnosticada una H. Hiato , con esofagitis, lo más probable es que toda la sintomatología respiratoria que nos cuentas venga del propio reflujo que pasa a las vias respiratorias por las noches al dormir y provoca esa irritabilidad respiratoria. Si no mejora con los inhibidores de secreción ácida, tendría que plantearse operarse de la H. de hiato, pues la aparicion de esa sintomatología es indicacion de cirugía en sí misma. Un saludo.

Hay que descartar la presencia de una intolerancia al gluten asociada y aunque la prueba le de negativa yo le recomendaría que haga una dieta sin gluten estricta, durante al menos 6 meses, para que pueda ver claramente la diferencia

Lo que usted llama flemas (acaso mucosidad persistente en hipofaringe) puede tener varios orígenes. En ocasiones es fruto de hiperreactividad bronquial, puede ser a un alergeno que se logra identificar o no, o por estimulación del contenido gástrico que refluye por más que la acidez del mismo esté contrarrestada convenientemente por la acción de un IBP. O puede ser por faringitis crónica sin relación con el reflujo. O porque bebe poca agua y su cuerpo elimina secreciones espesas...
Hay muchas causas y no todo son alergias o intolerancias.