¿Qué diferencia hay entre trombosis y embolia?

En ambos casos el flujo sanguíneo se ve interrumpido. En el caso de la trombosis se trata de una arteria enferma y en el tratamiento tendremos que hacer intervención sobre esa arteria (by pass o stent).
En el caso de la embolia, el coágulo se forma en otro sitio y se desplaza con la sangre hasta ocluir una arteria previamente enferma. En este caso, además de extraer el coágulo, hay que tratar la fuente de la embolia.

La trombosis es la presencia de un coágulo dentro de un vaso y la embolia es un coaguló que se ha desplazado y ocluye una arteria

En ambas se producen la ocupación de la luz de un vaso. En el caso de la trombosis, ésta se produce por la formación de una placa de ateroma o un coágulo "in situ", en el lugar de la ocupación. En el caso de la embolia, ésta puede ser producida por un coágulo o placa que se desplace desde otro lugar. O bien producirse por otras sustancias que procedan de otro lugar y hayan viajado hasta el lugar de la ocupación a través de los vasos sanguíneos: aire (en el caso de la inyección inadvertida de aire a un vaso, embolia aérea), grasa (caso de fracturas de los huesos largos del cuerpo, embolia grasa), tejido neoplásico (tumores que produzcan "suelta" de émbolos a la circulación, caso del mixoma cardiaco, metastastásicas), por tejido infectado (émbolos sépticos) o incluso cuerpos extraños (punta de catéter p. ej.).
En algunos de éstos casos es posible tratar la causa que lo origina (caso de las embolias metastásicas y sépticas), pero en otros cuando se produce el émbolo, ya es demasiado tarde.