¿Que beneficios tiene la toma diaria de semillas (girasol, calabaza, lino, ...) trituradas en el momento

El beneficio del consumo de semillas radica en su composición nutricional; ácidos grasos poliinsaturados, proteinas, fibra, minerales como el calcio, fósforo y magnesio.
Me imagino que tu pregunta es si supone un alimento de elección para el tratamiento de la gastritis, en tal caso deberíamos conocer tu tolerancia individual. Hay pacientes que en fases agudas de gastritis, no las toleran bien, debido a que debido a su cantidad de fibra y ácidos grasos, implican una digestión más lenta.
Con respecto al colon irritable y siguiendo una dieta FODMAP para su tratamiento, decirte que puedes incluirlas y que lo importante es no superar tu nivel de tolerancia diaria de FODMAP.

No es malo para nada en principio y su principal indicación no seria para el estómago, sino para tratar de solucionar el estreñimiento si lo hubiere asociado

No se han descrito, que yo sepa, ni perjuicios ni beneficios de la toma de semillas para la gastritis. Hay algunos datos que apuntan al beneficio de las pipas de girasol para incrementar el hierro o las de calabaza para mejorar las afecciones de próstata,... pero en general ninguna con demasiado rigor científico. En general las semillas, bien masticadas son una fuente importante de ácidos grasos muy beneficiosos y son saludable. Y no, no incrementan el riesgo de apendicitis o de diverticulitis.