Mi bebe tiene un año y ha tenido mucha tos con flemas. En el exudado faríngeo salieron estafilococo

Cuando hacemos una toma de muestra de boca o garganta, vemos una gran presencia de bacterias, diferentes, según el territorio explorado. Encontramos bacterias potencialmente peligrosas, de ahí la prudencia.
Estoy de acuerdo con mis compañeros en que si no hay manifestaciones clínicas (fiebre, inflamación, etc), por el solo hecho de encontrar un estafilococo aureus, no está indicado tratamiento antibiótico, si la vigilancia.
No hay que olvidar, que con frecuencia, se puede contaminar la muestra tomada, el tiempo pasado entre la toma de la muestra y el cultivo, las condiciones de esa toma y la llegada al laboratorio.

El que aparezca una bacteria en el cultivo faríngeo no quiere decir que esté causando una enfermedad. Aproximadamente un 20-30% de la población son "portadores sanos" de estafilococo aureus a nivel nasal o faríngeo. Esto quiere decir que la bacteria forma parte de la microbiota o flora rinofaríngea de la persona y no le provoca ningún problema. Este parece ser el caso de su hijo, ya que esta bacteria no produce tos ni mocos, y por lo tanto no es la causante del cuadro actual del niño. Por eso su pediatra no le ha prescrito antibióticos.
Esta bacteria sin embargo sí puede producir infecciones cutáneas (impétigo, foliculitis, forúnculos, abscesos...) y por ello podría ser necesario erradicarla en determinados casos. Por ejemplo en los manipuladores de alimentos (que podrían provocar toxinfecciones), personal sanitario de una maternidad, pacientes con infecciones cutáneas en los que sospechemos que sean portadores nasales de estafilococo nasal (para así evitar las reinfecciones), etc...