Llevo un año primero con metotrexato y luego metojet, y últimamente aparte de otros síntomas me duelen

El metotrexato en su forma oral o subcutánea (metoject entre otros) es el medicamento más utilizado para el tratamiento de la artritis reumatoide o de las formas periféricas de la artritis psoriásica. Los efectos secundarios que usted refiere no forman parte de los habituales en este fármaco. (Si que lo son la estomatitis y las úlceras bucales, pero entiendo que con dolor en los dientes no se refiere a ellos).
De todas formas la única manera de saberlo es retirar el fármaco (para ver si desaparecen los síntomas) y reintroducirlo después (para ver si vuelven a aparecer). Aunque está para mi (y con la información de la que se dispone) es una opción demasiado arriesgada por la poca probabilidad que creo que hay de que estos síntomas sean causado por el metotrexato. Debería consultarlo con su reumatólogo.
Otra opción seria que el dolor de los dientes fuera provocado por una sobrecarga de los maxilares por ansiedad (que aprietan demasiado) y esto se relacionaría con los miedos que padece.

El dolor en los dientes (odontalgia) no es un efecto adverso descrito del metotrexato oral o subcutáneo (Metoject). Puede ser debido a una alteración de la mordida secundaria a una artritis de la temporo-mandibular (producida por la artritis reumatoide o psoriasica) o a un bruxismo (apretar los dientes durante la noche) asociado a su cuadro de ansiedad. Tampoco está descrita la ansiedad como un efecto secundario del metotrexato. Consulte estos síntomas con su reumatólogo que es quién mejor conocerá los detalles de su caso concreto y quién mejor la podrá dar una respuesta más adecuada a su situación. Por los datos que comenta no está justificado suspender o reducir la dosis de metotrexato.

El metrotexato tiene como efecto secundario la micosis orofaringea que puede ser dolorosa. Lo adecuado es que consulte con su médico prescriptor, a fin de que diagnostique el problema. No produce alteraciones dentarias, pero es un inmunosupresor que aumenta las infecciones. No daría demás la valoración por un odontólogo.